Esta serie sigue las vivencias de Phineas Flynn y su hermanastro británico Ferb Fletcher durante las vacaciones de verano. Cada día, los chicos se embarcan en un proyecto nuevo más allá de las capacidades normales de unos niños, lo que molesta a su hermana Candace Flynn, quien trata de revelarle tales proyectos a sus padres. La serie sigue dos estructuras argumentales en cada episodio, una trama principal sobre las acciones de Phineas, Ferb y Candace; y una trama secundaria centrada en la mascota de los protagonistas, Perry el ornitorrinco, quien se convierte en el Agente P, un espía secreto que lucha contra el Dr. Heinz Doofenshmirtz, un científico villano que tiene planes de dominar la ciudad pero es siempre atrapado a tiempo por Perry. Ambas tramas se cruzan en el descenlace final de cada episodio para borrar todas las huellas del proyecto de los niños justo antes de que su madre pueda verlos, cosa que normalmente deja muy frustrada a Candace.

Los creadores Dan Povenmire y Jeff «Swampy» Marsh habían trabajado previamente juntos en The Simpsons y Rocko’s Modern Life. Los creadores también dan voz a dos de los principales personajes de la trama B: Al Mayor Monograma y al Dr. Doofenshmirtz. Phineas y Ferb fueron creados después de que Povenmire dibujase en un restaurante un chico triangular (el prototipo de Phineas). Povenmire y Marsh desarrollaron el concepto de la serie juntos y lo lanzaron a las redes durante 16 años antes de asegurar una carrera en Disney Channel.